Après la démission d’Hellboy, les enquêtes du BPRD continuent. Abe Sapien part au secours de Liz Sherman dans un monastère au-delà du cercle polaire, et va devoir s’enfoncer très loin sous terre et pour faire une terrifiante découverte. Plus tard, c’est dans les mers du Sud infestées de requin qu’il devra affronter un esprit surpuissant…